Principal base aeronaval de la preguerra, inaugurada en 1935, durante la guerra civil desempeñó misiones de enseñanza y en ese mismo papel continuó en los años iniciales de la postguerra. Decidida en 1943 la creación de la Academia General del Aire, comenzó a funcionar dos años después en San Javier, aunque inicialmente sólo se cursaron en ello los cursos 1º y 2º, completándose los dos siguientes en las Academias respectivas. Disueltas poco después la Academia de Aviación de León y la de Tropas de los Alcázares, San Javier se hizo cargo de los cuatro cursos. Al disolverse en 1972 la Escuela Básica, San Javier asumió también sus antiguas actividades.
Actualmente continua en la Base Aérea de San Javier la ACADEMIA GENERAL DEL AIRE dónde operan los siguientes aviones: C-212 AVIOCAR, BONANZA F-33C, TAMIZ T-35C, DORNIER 27 y C-101 AVIOJET..
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